Con hdparm podes configurar bastantes cosas, lba, accesos a disco, y opciones que en algunos casos vienen deshabilitadas, tamaño del cluster, en fin podes configurarlo y quisas obtener una mejora en la velocidad, no mucho pero algo se puede mejorar.-
La seguridad la obtenes a partir del failsystem que usas, es decir Ext2,Ext3,etc.-
http://dmolinap.blogspot.com/2008/05...on-ubuntu.html
Ahí esta bien explicado, y en el howto de instalación de gentoo, también explica bastante bien