Las letras de los discos no deberian tener nada que ver porque las asigna Windows al iniciar, no previamente, windows previo al arranque solo entiende de discos y particiones, no de letras, asi que eso obvialo.
Tal vez deberías instalar todo con los discos puestos si o si, no andar desconectandolos para instalar, tal vez ese sea el problema.
Al instalar windows 7, debe fijarse en una configuración de hardware especifica tal vez, que ademas valide la instalación, asi que me imagino que teniendo todos los discos conectados al hacer todas las instalaciones no deberia traerte mayor inconveniente.

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