Hay otro filtro en el VirtualDub, se llama Fill. Lo que hace es poner un rectángulo de un determinado color sobre la imágen. En tu caso lo tendrías que usar dos veces xq necesitas dos rectángulos.
Aclaracion: en la parte de configuración del filtro vas a ver que al cambiar los valores de Y1 e Y2 Offset se va cubriendo de gris en la vista previa. Lo que se cubre de gris es lo que NO se va a tapar.
Si no quedo claro, avisame que te lo explico mejor.
EDIT:
Tutorial con Imagenes:
Configuracion del primer filtro Fill para el primer rectángulo:
Resultado del filtro anterior:
(Puse las dos vistas para comparar)
Configuración del segundo filtro Fill para el segundo rectángulo;
Resultado final con los dos filtros aplicados:
Ojala te sirva,
Saludos