Proba con el
Avidemux. Sin embargo, es necesario tenerlo en MPG? (supongo MPEG-2) la verdad es que nunca busque pero quizas exista un encoder de MPEG-2 compatible con el VirtualDubMod, entonces codificas a MPEG-2, guardando en AVI y luego podes cambiar de AVI a MPG con el Avidemux, aunque si el filtro esta en este ultimo programa lo haces todo directamente.
Esta el asunto de la calidad tambien, lo ideal seria usar un buen encoder stand alone de MPEG-2 y aplicar filtros a traves de avisynth, pero eso ya es mas complejo y no se si valdra la pena.