Si es progresiva entonces se debe a diferentes duraciones entre audio y video. Si el sonido se escucha primero entonces es que esta avanzando mas rapido que el video, por lo tanto la duracion del archivo AC3 es mayor que la del video luego de recodificar. Comprobalo, podes usar el
GSPOT.
Para solucionarlo primero fijate si la diferencia de duracion se da tambien luego de demultiplexar, asegurate tambien de demutiplexar el video, es decir saca el audio a un .ac3 y el video a un .m2v. Luego se podrian cortar esos segundos de mas en el video(cortandolos al final), facilmente antes de la recodificacion podes usar al apartado Source Range del TMPGenc, siempre y cuando la duracion este alterada antes de la recompresion.
Sino podes cortar lo que sobra luego de la recodificacion, usando las herramientas del TMPGenc, tal como se indica
aqui