Es medio complicado, recuerdo una consulta parecida en otro foro, y lamentablemente no se llego a nada. Lo que tenes que hacer es convertir los videos identicamente a como los crea la camara, es decir analiza uno de los videos filmados (podes usar el
MediaInfo), y trata de convertir cumpliendo exactamente con todos los parametros, con por ejemplo el conversor multiformato gratuito
SUPER, o tambien tenes el
MediaCoder.
La razon por la cual esto lo mas probable es que no funcione, es porque las camaras suelen grabar en formatos no del todo populares, dificultando un analisis bien profundo e impidiendo codificar exactamente de la misma forma para que estos sean compatibles.