Yo uso un programa llamado Super que te convierte el 90% de los formatos de audio y video existentes, y encima es freeware
http://www.erightsoft.com/S6Kg1.html
Nota: Cuando le asignes la ruta donde se crean los archivos, la mejor opción hacer click con el botón derecho sobre la lista de archivos, seleccionar "Output File Saving Management" y en la ventana que aparece activar la opción "Save Each Output File in its Respective Source File´s Folder/Directory", que en castellano viene a ser "Salvar cada archivo de salida en la misma carpeta o directorio que el archivo de origen".
Con esto te ahorras la molestia de téner que indicarle la ruta cada vez que convertis un archivo.