Si lo unico que necesitan es usar un programa que solo corre en w98 podrias intentar con el modo de compatibilidad que tiene XP que se usa haciendo click derecho en el icono del ejecutable en cuestion y en la solapa compatibilidad seleccionar W98/Millenium y sino funciona tenes como opcion usar una pc virtual como Virtual PC, VMWare, Virtual Box entre otros, estos programas lo que hacen es emular una pc en donde uno puede instalar el SO que este soportado por el programa. Y el uso de estos programas no es tan complicado como parece, por ejemplo en los 3 que mencione hay un pequeño wizard que te va guiando paso a paso para que puedas crear una maquina virtual para un determinado objetivo pero en resumidas cuentas lo que te pide cada asistente es primero que le indiques el lugar donde va a almacenar el disco virtual, despues te pide que le indiques el tipo de SO que vas a instalar en tu caso habria que indicarle que se va a instalar el W98 y por ultimo te pide que le asignes la cantidad de memoria asignada al SO huesped, en el caso de windows 98 con un valor de 64MB ya andaria bien, a lo sumo lo unico que hay que tener cuidado en este paso es en no darle mas de la mitad de la memoria real de tu maquina, o sea si tienes en total 1GB de ram no darle al sistema operativo huesped mas de 512 MB sino a tu maquina le va a costar emular el SO huesped y atender al SO nativo al mismo tiempo.
Una vez echo esto se te va a crear una maquina virtual y lo unico que resta por hacer es instalarle el SO huesped que en tu caso seria el W98 para ello tendrias que seleccionar la maquina virtual recien creada y apretar el boton de ejecutar (generalmente tiene el icono de play o algo asi) y echo esto solo tendrias que insertar en tu lectora el CD de W98 e instalar el mismo como normalmente lo harias en una pc comun y corriente y una vez finalizado la instalacion ya tendrias tu W98 emulado. Como ultimo paso lo mejor seria instalarle al SO husped la add-ins de la maquina virtual los cuales te van a permitir tener una mejor resolucion en la pantalla de este SO y permitir la interaccion entre el W98 y Win XP entre otras cosas, para hacer este ultimo paso los tres programas tienen una opcion en su barra de menu que se llama agregar add-ins o guest addition o algo asi dependiendo de que programas uses, una vez que seleccionas esta opcion dentro de tu W98 emulado te va a aparecer dentro de mi pc la notificacion de que se ha insertado un CD le haces doble click y sigues los pasos del instalador con el clasico siguiente, siguiente, siguiente y una vez finalizado ya tendrias el SO funcionando y de ahi en adelante lo manejarias tal cual lo harias con un w98 comun y corriente.