Bue, primero que nada, el juego es un ROM del juego de Sega Génesis, incluso la descarga trae el emulador incluido (el Fusion, muy bueno), para que lo jueges sin necesidad de buscar un emulador para jugarlo.
Para configurar el joystick, iniciá el emulador, entrá en Options, y ahi en Set Config. Te va a aparecer una ventanita de configuración, allí seleccioná la solapa Controllers; en Port 1, elegí 6 Btn Pad si tu joystick tiene 6 o más botones, y en Use, elegí la opción USB Joystick o el nombre del joystick que tengas; con todo hecho, dale al botón Define para configurar los botones: en la parte de abajo de la ventana, te va a aparecer una leyenda Press Button/Direction or Keyboard Key to use for UP, que te pide que introduzcas el botón o axis (si usás analógico) correspondiente a ARRIBA, elegí el botón e inmediatamente te va a aparecer la misma leyenda, pero con ABAJO, elegí el botón; luego para los otros direccionales, luego para el A, B, C, START, etcétera.
Una vez configurado el control correctamente (el último botón que te pide es MODE), presioná [ACEPTAR], ¡y listo, a jugar!
Nota: si vas a usar un direccional analógico (las palanquitas), encendélo, y cuando te pida UP, DOWN y demás, mové la palanca para el lado que corresponda.