Y ni que hablar del autorun
Habría que pasar un antivirus en "modo seguro" (antes de que cargue windows) por las dudas.
Lo de hacer respaldos seguido de las cosas importantes que no deben perderse es joda, es un verso que nos cuentan los paranoicos
Para saber si están o no los archivos en un disco al que windows no accede, y no perder tiempo reinstalando Windows, puedes usar una LiveCD de Linux, aunque más no sea para quedarte tranquilo y/o respaldar.