Si te referis por compatible a que si podes ejecutar programas de Windows en Linux, la única forma de hacerlo es mediante emulación. Existe un programa llamado Wine, que podes encontrar en
www.winehq.com, que te permite ejecutarlos.
Linux tiene muchisimos programas que son equivalentes a los más usados en Windows, por lo que el wine te va a servir en casos mas bien puntuales (como algunos juegos).
Igualmente, desde Linux podes abrir, ver o modificar tranquilamente cualquier documento que hayas echo en Windows: por ejemplo, podes acceder a tu carpeta Mis Documentos y leer cualquier documento *.doc, ver cualquier imagen, escuchar la música que tengas guardada, etc.