Si puede acelerar y mejorar el rendimiento, sobre todo si instalas y desinstalas programas muy seguido.
El problema es que muchos programas mal hechos dejan "basura" inencesaria declarara en el registro, y windows pierde tiempo con cosas que ya no existen, o que no están, o que están mal instaladas, etc.
Antes había un programa que era bastante bueno para la limpieza del registro, se llamaga REGSEEKER, pero no sé si se sigue haciendo y si es recomendable para correrlo en Windows Vista y superiores.
Página Oficial de REGSEEKER