Nop, eso fue lo primero que probé, pero parece que por cuestiones de seguridad (algo razonable) no se pueden setear cookies para otro dominio, así que eso no funca.
Hay varias técnicas dando vueltas para hacer lo que yo quiero, algunas algo complejas que hasta involucran Mod_Rewrite de Apache. Yo lo simplifiqué enviando el valor por GET desde dominio1.com hacia dominio2.com (encriptado en MD5). Una vez ahí seteo otra cookie y vuelvo a redirigir, por lo que el usuario ni se entera de lo que pasó (muejeje).
Saludos, si a alguno se le ocurre una mejor solución es bienvenida.